Según el Archivo General de La Rioja el nombre de esta población es curioso porque en realidad no se encuentra junto al Rio Tobía, que discurre un par de kilómetros más al Sur. Parece ser que sus orígenes hay que buscarlos en un gran castro celtíbero enclavado en la meseta sobre el Rio Najerilla que se encuentra entre nuestro pueblo y la cercana localidad de Bobadilla. Dos hechos parecen atestiguarlo: la toponimia, que define a este paisaje con el nombre de "El Villar", y la gran cantidad de vestigios arqueológicos que los agricultores desentierran en esa zona cuando realizan su trabajo. Posiblemente sea la zona riojana donde más molinos de grano, de tradición celtíbera, hayan aparecido.

Pertenecemos a la cuenca del Najerilla, ruta de los monasterios, con San Millán de la Cogolla declarado Patrimonio de la Humanidad y el Monasterio de Valvanera donde está la patrona de La Rioja. En los documentos históricos, Baños de Rio Tobía aparece citado por primera vez en el Fuero de Nájera del año 1020. El año 1090, una mujer de esta localidad es la protagonista de un milagro atribuido a San Felices. Encontramos la referencia en un texto redactado por un monje de San Millán, de nombre Grimaldo, en el que cuenta el traslado del cuerpo del santo, desde Bilibio hasta aquel monasterio. Al hablar de los milagros cita uno realizado 'el dia 30 de Noviembre de 1090, en la persona de una ciega llamada Aurea, de Baños, que recobró la vista al tocar el arca que contenía las reliquias de San Felices'.

El Archivo Histórico Nacional guarda un documento fechado en Burgos, el año 1137, por el que sabemos que Alfonso VII, el Emperador, y su mujer, donaron a la Orden de Cluny y a Santa María de Nájera, 'la iglesia de Santa María que tienen en Baños de Suso de su heredad'. Esta propiedad sería el actual Baños de Rio Tobía, que en aquella época se denominaría 'de Suso', es decir, de arriba, para distinguirlo del otro Baños, el que se encuentra a orillas del Rio Ebro.

El archivo municipal de Baños de Rio Tobía está constituido por el conjunto organizado de documentos producidos y recibidos por el Ayuntamiento en el ejercicio de sus competencias y al servicio de la gestión administrativa, la información, la investigación y la cultura. De esta forma, el archivo es la memoria colectiva de sus ciudadanos y refleja los cambios y transformaciones que han tenido lugar a lo largo de la historia.